Размер уставного капитала АО «РЖД Логистика» составляет 125 300 000 рублей. Уставный капитал Общества состоит из 125 300 обыкновенных именных бездокументарных акций номинальной стоимостью 1 000 рублей каждая. Акции размещены путем распределения среди учредителей. Оплата акций осуществлена денежными средствами. Выпуск и отчет об итогах выпуска ценных бумаг АО «РЖД Логистика» зарегистрированы ФСФР России 16 марта 2011 года. Выпуску присвоен государственный регистрационный номер 1-01-14436-А.

Акционерами Общества являются АО «ОТЛК Логистика» (100% минус 1 акция)  и АО «КРП-инвест» (1 акция).